アフターコロニー195年。
宇宙コロニーは武力によって世界を統治下に治めようとする地球圏統一連合に対しモビルスーツガンダムによる降下作戦『オペレーション・メテオ』を決行。
作戦を遂行するガンダムパイロットの1人ヒイロ・ユイの姿を目撃してしまった事からリリーナ・ドーリアンは運命の渦に巻き込まれていく事となる。
ヒイロと同じ4人のガンダムパイロット達がそれぞれ引き寄せられるかのように接触する中
秘密結社OZの総帥トレーズ・クシュリナーダは歴史の表舞台に出るべくある作戦を実行に移した……。

コズミック・イラ70年。
世界が通常の人類『ナチュラル』と遺伝子操作された人類『コーディネイター』に大きく二分された時代。
『血のバレンタイン』の悲劇により両者間の緊張は爆発し一気に本格的武力衝突へと発展していった。
誰もが疑わなかった数で勝る連合軍の勝利。
しかし……その予想は大きく裏切られ戦局は拮抗したまま11ヶ月余りが過ぎた。
ラグランジュ5に浮かぶ資源衛星ヘリオポリス。
そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトはコロニーに侵入したザフト軍による連合軍の新型モビルスーツ奪取作戦に遭遇する。
そして、その作戦に参加するザフト兵の中にはかつての親友アスラン・ザラの姿があった……。

西暦2307年。
地球の化石燃料は枯渇したが人類は新たなエネルギーを手に入れていた。
３本の巨大な軌道エレベーターとそれに伴う大規模な太陽光発電システム。
しかし……このシステムの恩恵を得られるのは一部の大国とその同盟国だけだった。
アメリカ合衆国を中心としたユニオン。
中国、ロシア、インドを中心とした人類革新連盟。
そして、ヨーロッパを中心としたAEU。
各超大国群は己の威信と繁栄の為24世紀の今もゼロサム・ゲームを続けていた。
そんな世界に対し『武力による戦争の根絶』を掲げる私設武装組織が現れる。
機動兵器ガンダムを所有する彼らの名は『ソレスタルビーイング』。
今、ガンダムによる世界への武力介入が始まる……。

かつて『厄祭戦』と呼ばれた大きな戦争が終結してから約300年……。
それまでの統治機構を失った地球圏に新しい支配体系による仮初めの平和が訪れる。
だが……地球から離れた火星圏では新たな戦いの火種が再び生まれようとしていた。
火星独立運動の為、地球圏へ向かおうとする少女クーデリア・藍那・バーンスタインとその護衛任務を請け負う事となった三日月・オーガスら少年兵達。
そして世界平和維持を掲げる強大な軍事組織ギャラルホルン。
これは、それぞれの立場と思惑が交錯していく中で激しく動く世界に翻弄されながらも止まることなく戦い続ける少年達の物語である。